Ambassaden blev etableret i august 2000 på højden af Cyperns tiltrædelsesforhandlinger med Den Europæiske Union, som et led i den daværende regerings bestræbelser på at udvide landets netværk af diplomatiske missioner, med vægt på hovedstæder i eksisterende EU-medlemsstater.
Siden Cyperns tiltrædelse af EU i maj 2004 har det været ambassadens primære opgave løbende at opgradere og udvide sine bilaterale relationer med de to lande i sin akkreditering, Danmark og Island, at holde deres respektive regeringer opdateret med hensyn til bestræbelserne på at løse Cypernproblemet samt at yde konsulær service til offentligheden generelt og i særdeleshed støtte til herboende cyprioter og besøgende, der befinder sig i området.
I begyndelsen fungerede ambassaden i en suite i det centralt beliggende Clarion Hotel Neptun, indtil passende kontorlokaler blev fundet. Fra oktober 2001 og indtil juni 2013 lå ambassadens kontorer på Borgergade og fra juli 2013 og frem ligger ambassaden i sine nuværende kontorer i hjertet af byen, på H.C. Andersens Boulevard 38.
Følgende cypriotiske diplomater har tidligere stået i spidsen for ambassaden:
| 14.9.2000 – 21.1.2002 | Andreas Skarparis, Ambassador |
| 21.2.2002 – 17.11.2003 | Michalis Stavrinos, Ambassador |
| 15.12.2003 – 8.8.2004 | Yannis Iacovou, Chargé d’ Affaires a.i. |
| 9.8.2004 – 20.12.2008 | Antonis Toumazis, Ambassador |
| 19.1.2009 – 10.2.2013 | George Kasoulides, Ambassador |
| 11.02.2013 - 31.07.2014 | Demetris Samuel,Chargé d’ Affaires a.i. |
| 01.08.2014 - 31.07.2018 | Maria Papakyriakou, Ambassador |
| 01.08.2018 - 31.07.2021 | Penelope Erotokritou, Ambassador |
| 01.08.2021 - 07.08.2024 | Iacovos Giragosian, Ambassador |
| 07.08.2024 - | Panayiotis Kyriacou, Ambassador |